明末清初，鄭成功收復台灣時，已有蔡姓人移居台灣：1西元一六七五年，福建漁民蔡月，東渡過海，定居於高雄旗后，建立媽祖宮。2康熙年間，福建省南安人蔡為謝、蔡廷、蔡構等人，入台墾荒，定居於大糠榔西堡倫仔莊。3擁正年間，福建人蔡媽西，入台墾荒。4乾隆年間，漳洲人蔡琨、蔡五常等人、入台墾荒。
據《尋根攬勝漳洲府》一書統計，明清時，從漳洲府七縣人入台的蔡姓合計四十八人，經歷代繁衍發展，今台北市區和台北縣金山鄉、萬里鄉及基隆市一帶的望族多為蔡氏。
又據蔡大興先生調查，漳浦縣蔡姓于明清時入台人士甚多，鄭成功部將蔡文即漳浦人，助鄭氏治台二十多年，乾隆中葉有蔡選、蔡養前往台灣東螺東堡（今彰化縣二水鄉一帶）和金包里東堡（今台北縣金山一帶）墾殖，此后有多人追隨入台。另外，道光進士蔡征藩、蔡延蘭、同治進士蔡鴻章、蔡德芳等，分別在台灣縣、澎湖縣、彰化縣提任縣官。